全椒县目前有两所主要的初中学校，分别是 全椒第三中学和 全椒县第六中学。全椒第三中学，原名全椒中学，是一所位于安徽省滁州市全椒县的初中学校。全椒第三中学的前身是明万历年间的“望阳书院”，清乾隆中期更名为“襄水书院”。1902年始创为现代意义的中学，是全省创办最早的中学之一。1958年定名为“安徽全椒中学”。1961年郭沫若为学校题写校名。1999年被批准为安徽省示范性普通高级中学学校授予“西北工业大学优秀生源地”“南京军区国防生生源地”。同年，全椒中学初中部剥离并且被并入全椒县第三中学。2009年，全椒中学留在原址的高中部（即被批准为安徽省示范高中的部分）正式划归全椒慈济第一高级中学（全椒县政府和台湾慈济基金会合作办学，学校实行董事会管理，13名董事，全椒县政府方面占6席）。全椒县第三中学（只有初中）迁入全椒中学旧址，成为只有初中部分的全椒中学。
全椒县第六中学，位于安徽省滁州市全椒县，是一所实施初中义务教育的学校。全椒县第六中学没有高中部，专注于基础教育的发展。学校致力于促进学生的全面发展，提高学生的综合素质。
根据提供的信息，全椒第三中学是一所具有悠久历史和优良传统的学校，而全椒县第六中学则是一所专注于基础教育的学校。两所学校都是全椒县较好的初中学校，具体选择哪所学校更好，需要根据学生的个人需求和兴趣来决定。