南京初中学校中，以下几所被认为是最好的：
南京外国语学校（南外）：
南外以其卓越的教育质量和学生成就而闻名，毕业生在薪资、生活状态和幸福指数等方面表现优异。南外是南京最好的初中，没有之一。
金陵河西：
金陵河西以其优美的校园环境、优良的硬件设施和丰厚的奖学金而受到青睐。学校提供十二年一贯制教育，包括小学部、初中部、高中部和国际高中部。
南京师范大学附属中学树人学校：
树人学校是南京师范大学附属中学的民办初中，以其优秀的师资力量和丰富的课程体系而著称。学校注重学生个性发展，提供多种选修课和活动课。
南京玄武外国语学校：
玄武外国语学校在南京市初中中排名靠前，以其严格的教学管理和高质量的教育资源而闻名。
南京市金陵汇文学校：
金陵汇文学校是由鼓楼区政府投资兴建的优质九年制公办学校，以其强大的师资力量和优异的教育成果而备受认可。
南京第十三中学红山校区、 南京育英第二外国语学校、 南京郑和外国语学校等学校也在南京初中中享有较高的声誉。
南京一中初中部和 第九初级中学等学校也在各自区域内表现出色，教学质量优秀，学生成绩优异。
29中幕府山校区作为29中的嫡系初中，教学质量有保障，学习氛围浓厚。
这些学校在教育质量、师资力量、学生成就等方面都有显著表现，是南京初中中的佼佼者。家长和学生可以根据自身情况和需求，选择最适合的学校。建议家长实地考察学校，了解学校的教学理念和管理模式，以便做出更合适的选择。