初中学校最怕的部门包括：
教育局：
教育局负责监督和管理教育机构的运营，包括教学质量、教师行为、学校收费等方面。如果学校存在违规行为，教育局有权进行查处，并可能对学校的声誉和评级产生负面影响。
市长热线（12345）：
市长热线是一个广泛受理市民投诉和求助的平台，学校如果接到市长热线的投诉，通常需要迅速响应并处理，否则可能会面临更大的舆论压力。
食品药品监督管理局（12331）：
学校食堂的食品安全问题一直是社会关注的重点，如果学校食堂存在卫生问题，食品药品监督管理部门有权进行查处，并对情节严重的学校进行处罚。
教育部：
教育部作为全国教育管理的最高机构，对学校的监督和管理力度更大。如果学校出现严重的教育问题，教育部可以直接介入并处理，这对学校的声誉和未来发展可能产生严重影响。
建议
对于学生或家长来说，如果发现学校存在违规行为，可以通过以上部门进行举报。在举报时，建议提供详细的证据和情况说明，以便相关部门能够更快地处理问题。同时，为了保护举报人的隐私，建议通过正规渠道进行举报，避免信息泄露。