在南通市区，有几所初中被普遍认为是非常优秀的，以下是一些被广泛认为最好的初中：
南通中学：
作为市区最好的学校，南通中学在江苏省享有很高的声誉，并且是南通市第一中学之后的首选。
启秀中学：
启秀中学由清末状元张謇先生创办于1912年，是百年名校之一。该校毕业生中有相当一部分考入南通市重点高中，并且学校有优秀的师资队伍和丰富的办学经验。
田家炳中学：
田家炳中学成立于1952年，最初名为苏北工人技术学校，后来更名为南通市第一初级中学，再后来又更名为南通市第三中学。2002年，学校增设了“南通市田家炳实验中学”校牌。2014年4月，学校再次更名为江苏省南通田家炳中学。该校是一所示范重点综合高中，校训是“崇德，博学”，学校每年升入重点高中的人数都是位居全市前列的。
南通市第一初级中学：
作为核心城区重点初级中学，学校由拥有百年校史的江苏省南通第一中学初中部改建而成，2009年经市政府研究批准成立。现有46个教学班，在籍学生2200余名，教职工200余人。学校秉承“以个性促全面，让师生拥有幸福完整的教育生活；以开放促多元，办有责任担当的人民教育”的办学宗旨，积极实施文化提升行动。
南通市第二中学：
南通市第二中学也是南通市知名的初中学校之一。该校在教育教学、学生管理、校园文化等方面有着独特的优势。学校注重学生的全面发展，提倡因材施教，为学生提供了多元化的教育路径。
通州初级中学：
通州初级中学是通州区的一所优秀初中，其教学质量和教育理念在南通市具有一定的口碑。学校注重学生的个体差异，提倡个性化教育，为学生提供了一系列特色课程和活动。
南通市崇川区实验初级中学：
南通市崇川区实验初级中学则以其创新的教育理念和丰富的课外活动受到学生和家长的好评。这些初中在教学质量、师资力量、校园环境等方面都有很好的表现。
建议
选择哪所初中最好，还需要根据学生的个人情况、兴趣爱好以及家庭住址等因素进行综合考虑。如果学生在学术上表现突出，希望进入重点高中，那么南通中学、启秀中学和田家炳中学可能是更好的选择。如果学生希望在个性化教育和特色课程方面有更好的发展，那么通州初级中学和南通市崇川区实验初级中学可能更适合。