南京秦淮区的初中学校中，有几所被广泛认为是非常优秀的。以下是几所被推荐的学校：
南京外国语学校：
这是一所著名的民办初中，以其强化英语特色和较高的学术水平而闻名。学校参加南外测试入围人数南京第一。
郑和外国语学校：
这也是一所民办初中，以其优异的中考成绩和90%的学生被四星高中录取的业绩而著称。
钟英中学（第三初级中学）：
这是一所公办初中，初一在新街口校区，初二初三在九条巷校区。学校注重传统文化与现代教育的结合，教学质量在南京公办初中中名列前茅。
南京市第一中学（初中部）：
这是一所公办初中，以科技创新教育为特色，与高中部共享部分师资资源。
中华中学初中部：
这也是一个优秀的公办初中，仅次于一中初中部。
根据以上信息，南京秦淮区的初中学校各有特色，家长和学生可以根据自己的需求和偏好选择合适的学校。如果注重英语特色和较高的学术水平，南京外国语学校和郑和外国语学校是不错的选择；如果希望学校注重传统文化和现代教育的结合，钟英中学是一个很好的选择；如果关注科技创新教育，南京市第一中学初中部值得考虑；而中华中学初中部也是一个值得关注的公办初中。