南京秦淮区的初中学区划分如下：
南京市钟英中学
学区小学：南京市游府西街小学、南京市慧园街小学、南京市火瓦巷小学。
南京市第三高级中学文昌初中
学区小学：南京市五老村小学、南京市建康路小学、南京市马府街小学。
南京市第三中学
学区小学：南京市五老村小学、南京市建康路小学、南京市马府街小学。
南京航空航天大学附属初级中学
学区小学：未明确列出。
南京市文枢中学初中部、第四十三中学
学区小学：考棚小学、双塘小学、钓鱼台小学、凤游寺小学、百花巷小学、正学路小学、西街小学。
中华中学、第二十七初级中学、第十八中学
学区小学：夫子庙小学、怡馨花园小学、秦淮区第一中心小学、长乐路小学、东水关小学、小西湖小学（含分校）、马道街小学、武定新村小学。
秦淮实验小学、秦淮第二实验小学、七桥小学
学区小学：未明确列出。
建议
钟英中学：由于钟英中学在秦淮区的学区划分中涉及的小学较多，且历史悠久、教学质量高，因此是一个非常好的选择。
第三高级中学文昌初中和 南京市第三中学：这两所学校的学区小学也较为优质，且第三中学在秦淮区的整体实力较强。
南京航空航天大学附属初级中学：虽然学区小学未明确列出，但其作为一所知名学校的初中部，也是一个值得考虑的选择。
根据以上信息，如果综合考虑学区划分和学校的教学质量，南京市钟英中学和南京市第三高级中学文昌初中是较为推荐的学区选择。