在南通市区，有几所初中被普遍认为是非常优秀的，以下是一些被广泛认为最好的初中：
南通中学：
作为市区最好的学校，南通中学在江苏省享有很高的声誉，并且是南通市第一中学之后的首选。
启秀中学：
启秀中学由清末状元张謇先生创办于1912年，是百年名校之一。该校毕业生中有相当一部分考入南通市重点高中，并且学校有优秀的师资队伍和丰富的办学经验。
田家炳中学：
田家炳中学（原名南通市第三中学，后更名为江苏省南通田家炳中学）是一所示范重点综合高中，校训是“崇德，博学”，学校每年升入重点高中的人数都是位居全市前列的。
南通市第一初级中学：
作为核心城区重点初级中学，学校由拥有百年校史的江苏省南通第一中学初中部改建而成，2009年经市政府研究批准成立。学校秉承“以个性促全面，让师生拥有幸福完整的教育生活；以开放促多元，办有责任担当的人民教育”的办学宗旨。
南通市第二中学：
南通市第二中学也是南通市知名的初中学校之一，该校在教育教学、学生管理、校园文化等方面有着独特的优势。
通州初级中学：
通州初级中学是通州区的一所优秀初中，其教学质量和教育理念在南通市具有一定的口碑。
南通市崇川区实验初级中学：
以其创新的教育理念和丰富的课外活动受到学生和家长的好评。
南通中学附属初级中学：
南通市知名初中，拥有优秀的师资力量和良好的教学环境。
这些学校在教学质量、师资力量、教育资源等方面都有很好的表现，并且每年都有大量学生考入南通市重点高中。家长和学生可以根据自身情况和需求，选择最适合的学校。建议家长和学生实地考察学校，了解学校的教学环境和设施，以及毕业生的升学情况，以便做出更为明智的选择。