初中学生入团的管理部门主要是 学校团委。具体流程如下：
班级团支部：
学生首先需要向所在班级的团支部提交入团申请书。班级的团支部书记通常由班主任兼任，班长会协助处理相关事务。
班主任：
班主任在入团过程中起到重要的推荐作用。他们会根据学生在班级中的表现，包括学习成绩、工作表现和思想品德等方面进行综合评分，并推荐优秀者加入共青团。
校团委：
班主任将推荐的学生名单上报给校团委。校团委负责具体的入团审批工作，包括政审、入团程序等，并最终决定是否批准学生加入共青团。
上级团组织：
如果需要，校团委还会将入团积极分子的情况报给上级团组织进行备案和进一步的指导。
因此，初中学生入团的主要管理部门是学校团委，班主任和班级团支部在这个过程中也起到关键的辅助作用。建议学生和家长了解并遵循这一流程，积极准备入团所需的材料和表现，以提高入团的成功率。