杭州市区被广泛认为最好的初中包括以下几所：
杭州育才中学：
这所民办公助性质的初级中学位于杭州市拱墅区冠军路8号，以“样样落实，天天坚持”的治学之道和年年被评为杭州市人民满意学校而著称。
杭州第十三中学：
这是一所公办中学，位于杭州市西湖区教工路155号，是省一级重点中学，以稳定的教学质量和全面的素质教育闻名。
杭州文澜中学：
这所国有民营性质的初中位于杭州市拱墅区文岚街158号，依托学军中学，以严格的管理和优异的教学成绩受到家长和学生的青睐。
杭州建兰中学：
这所全日制民办初级中学位于杭州市上城区江城路抚宁巷58号，依托百年名校杭州二中创办，以“高起点、高质量、现代化、国际化、有特色、创一流”的办学指导思想得到社会各界的广泛认同。
杭州市采荷实验学校：
这所规模庞大的重点初级中学有两个校区，分别是采荷实验学校与钱江新城实验学校，环境良好，是一家集德智体为一体的高水平院校。
杭州市公益中学：
这所公办中学以其优秀的教学质量和全面素质教育而闻名。
杭州市锦绣中学：
这所民办初中在中考中表现突出，基本能保证排名前1/3的学生进前三，前2/3的学生进前八。
杭州市启正教育集团附属启正中学：
这所民办初中以外语教学为特色，注重培养学生的国际视野和跨文化交流能力。
杭州东南中学：
这所初中也被广泛认为优秀。
浙江大学附属中学：
这所中学师资雄厚，教学水平进一步提高，受到社会广泛好评，但入学门槛较高，录取的学生多是小学成绩优异的学生。
这些学校各有特色和优势，家长和学生可以根据自身需求和偏好选择适合的学校。建议家长实地考察学校，了解学校的教学理念、师资力量和硬件设施，以便做出更为合适的选择。