《百年不合》的歌词含义深刻，主要表达了以下几层意思：
自我保护：
歌词中提到“再见，共你本来就分得那样远”，这可能是一种自我保护的说法，表达的是“我配不上你”或者“你太好了，我害怕相恋会杀掉我们最后那点联系”。这是一种自卑和害怕被拒绝的情绪表达。
内心戏：
“再见，就当这场内心戏不好演”反映了歌者内心的矛盾和挣扎，他/她不愿意面对真实的感情，因为害怕受伤或者失去最后的联系。
坦诚与勇气：
“若未够赤裸，抚摸到永远，可否叫眼泪再模糊一点”这句歌词透露出歌者渴望坦诚相待，但又害怕过于直接的表白会让对方离开，因此希望眼泪能模糊视线，让自己不那么容易被发现。
爱与猜忌：
“试问我如何决绝，当你想行前一寸，爱下去又发现你站到一边”表达了歌者在爱情中的迷茫和猜忌，他/她爱得决绝，却发现对方并不完全投入。
时间与爱：
“和你分开一百年，捱过今生才遇见，拉扯著那根线，若切不断，才好好发展”和“多等一百年，捱到开花才遇见”则描绘了歌者对爱情的执着和等待，认为只有经过长时间的等待和努力，才能找到真正的爱情。
总的来说，《百年不合》这首歌通过歌词传达了一种对爱情的渴望、自卑、猜忌和执着，表达了一种在爱中不断挣扎和成长的心路历程。