初中毕业后的档案存放方式有以下几种：
学校保存
初中阶段，学生档案最初是由就读的初中学校保存的。学校负责录入和维护学生的各类信息，包括成绩单、奖惩记录、健康状况报告等。学校的教务处或学生管理部门通常会为每个学生建立一个档案袋，将所有资料分类整理，确保档案完整且易于查阅。
教育局档案馆
在学生从初中毕业后，初中生档案会被转交到地方教育局的档案馆保存。教育局是整体管理学生信息的上级单位，他们拥有专门的档案管理系统，能够安全、规范地保存学生档案信息。教育局档案馆通常采用现代化技术进行档案管理，为档案的长久存放提供保障。
高中校
如果初中毕业生升入高中，初中生档案也会随着转学手续被移交到所录取的高中学校。接收档案后，高中学校会继续更新、维护学生档案，记录高中阶段的新动向和成绩。这样，学生的学习记录形成了连续的链条，不会出现断层。
家长或学生个人保管
部分学校和地方教育部门在办理学生档案转移时，可能会将档案交给学生家长或学生本人保管。此时，家长或学生需格外注意，妥善存放档案，避免遗失或损坏。最好将档案存放在防潮、防蛀、防火的地方，并定期检查。
街道办或村委会
在某些偏远地区，对于未升入高中的初中毕业生，学生档案可能会被存放在当地的街道办事处或村委会。街道办或村委会会依据统一规范，为这些学生的档案提供临时保存，确保档案信息不会轻易丢失。
人才服务中心
如果初中毕业生未继续上学或已工作，档案可以存放在工作单位或人才市场交流中心。学校一般只暂时存放档案，不能开具相关证明，建议尽快将档案转移到单位或人才中心。
建议
及时转档：毕业后应尽快办理档案转移手续，避免档案长期滞留在学校或造成丢失。
妥善保管：如果档案由家长或学生个人保管，务必选择安全、干燥、防火的地方，并定期检查档案的完好性。
了解政策：不同地区和单位对档案存放的要求可能有所不同，建议提前了解当地教育部门和人才服务中心的具体规定和流程。