学军小学对应的主要初中是 杭州市十三中教育集团（总校）。学军小学，即杭州师范大学第二附属小学，其前身为杭州师范学校附属小学，与杭州市第十三中学有着深厚的历史渊源。杭州市第十三中学创办于1969年，1979年更名为杭州师范学院附属中学，2004年4月，成立杭州市十三中教育集团（总校）。
此外，虽然存在关于学军小学可能对口文三中学的传言，但截至目前，没有官方文件确认学军小学本部会直升文三中学。传言称学军小学本部也可能被划到文三中学，但按照目前的教室数量来看，如果只收文三小学的毕业生，初中教室会有空余；如果收了文三+学军全部，初中教室又不够。因此，在官方文件未明确之前，建议家长和学生还是以学军小学对应杭州市十三中教育集团（总校）为主。