广州二中，作为广州市教育局的直属A类学校，拥有丰富的教育资源和强大的师资力量，是广州市的重点中学之一。广州二中分为高中校区和科学城校区，其中科学城校区是广州市的重点中学，拥有者非常丰富的教育资源和强大的师资力量，教育水平在广州市名列前茅。
广州二中的初中部设有火箭班和应元班，这些班级的学生通常在学术上表现优秀，有较高的升学率。其中，应元班是广州二中初中部的重点班级，分为强基方向和创新方向，入读方式包括意向报名、自主招生、中考成绩遴选等。
综合以上信息， 广州二中科学城校区的应元班被认为是最好的班级，因为它们拥有优秀的师资、丰富的教育资源和较高的学术水平。然而，具体哪个班级最好还需根据个人情况和需求来决定，建议家长和学生实地考察和了解各个班级的情况，以选择最适合自己的班级。