根据最新的排名信息，深圳南山区最好的初中包括以下几所：
南山第二外国语学校 （集团）海德学校：综合指数91.8，是深圳老百姓心中享有盛誉的名校之一。
南山麒麟中学：
省一级学校，隶属于南山区教育局所属的南山实验教育集团，是南山区较好的初中。
南山区育才二中：
省一级学校，深圳蛇口育才教育集团初中成员校。
南山区育才三中：
深圳蛇口育才教育集团初中成员校。
南山外国语学校（集团）高新中学：
全国基础教育名校省一级学校，四大率高至19.26%。
南山外国语学校文华学校：
全国基础教育名校省一级学校。
南山实验教育集团南海中学：
省一级学校。
北师大南山附属中学：
省一级学校。
南山为明学校：
省一级学校，广东省优秀民办学校。
南山第二外国语学校学府中学：
综合指数78.1。
这些学校在学术成绩、师资力量、教学设施等方面都有较高的水平，是深圳南山区的顶尖初中。家长可以根据孩子的兴趣和特长，选择最适合的学校。