在初中申请保留学籍，通常需要遵循以下步骤和条件：
因病或特殊原因
学生因病或其他特殊原因连续三个月无法到校学习，需要保留学籍的，应当持区（市）级以上医院的原始病历、诊断证明、缴费凭证和医院证明，向学校提交书面申请。学校审查同意并报上级教育主管部门批准后，可予保留学籍。
违反学校规定
对于违反学校规定，如打架斗殴、抽烟等不良行为，学生可以申请保留学籍，回家反省教育，或者换到其他级别低的学校。因为初中是义务教育，所以学校通常会采取较为灵活的处理方式。
休学保留学籍
初中要办理休学，首先要符合当地教育主管部门有关休学条件。因病或因出国就读休学者需向就读学校提交休学申请，同时提供休学的证明资料，比如因病休学需提供医院诊断证明，因出国休学需提供签证等有关资料，然后由学校负责办理休学保留学籍手续。
协商与申请
学生和家长可以与原就读初中学校进行协商，提出申请并解释保留学籍的理由。初中学校会根据学生的情况和政策规定进行审批。学生和家长需要填写相关申请表格，并提供相关证明材料，如有效身份证件、户籍证明、成绩单等。
手续与流程
申请休学并保留学籍的方法包括：学生本人提交保留学籍或保留入学资格申请书、申请原因的相关证明、家长身份证复印件（复印件上写明同意意见并签字）、学生到系教务办公室办理成绩认定手续并领取成绩单、老生携带相关资料到教务处学籍管理科领取《保留入学资格报批表》或《保留学籍报批表》，办理报批程序等。
建议
提前准备：学生和家长应提前了解并准备好相关证明材料，如医院诊断证明、病历等。
与学校沟通：与学校年级主任或教务处沟通，了解具体申请流程和所需材料。
遵循流程：按照学校和教育主管部门的要求，完整填写申请表格并提交所有必要的证明材料。
通过以上步骤，学生可以顺利申请并保留学籍。